新冠肺炎疫情让大陆港口缺工与内陆运输问题严重，大量积压在港口的集装箱，先是让冷冻柜周转出问题，接着因出口货量不足，让欧洲与北美运往亚洲的乾柜出现严重短缺现象，波罗的海国际航运公会（BIMCO）估计要四到八周才能获得改善，因此，欧洲线本月中涨价75%，美国线分两阶段涨四成。

业者指出，根据汉堡的ContainerxChange所做统计，今年第10周上海的集装箱数量年增47%，而汉堡却年减33%，在美国主要地区情况更糟糕，主要是因为积压在大陆的集装箱，货主停领集装箱太慢，无法清出空柜给出口货使用，而出口货货量也不足，以致运回欧美的集装箱数量太少，整个市场集装箱正常周转失灵。

实际上欧美与亚洲间原本就是双向货载不均衡的状态，欧美运往亚洲的货载，比亚洲运往欧美的货载少三到四成，因此船公司估计一年要花费约200亿美元搬运空柜到亚洲集装箱需求高的地区，今年因新冠肺炎疫情，大陆至今出口货还未恢复正常运送，船公司还在进行减班，让欧美缺柜问题一再恶化。

原本运价严重偏低的欧美进口线，欧洲线每20尺柜运价仅有400到550美元左右，本月15日起将调高300美元，美国线每40尺柜运价在约500到600美元，3月15日先涨100美元，4月1日再涨100美元。

而让船公司更头痛的是冷冻柜的问题，上海、天津与宁波等港，因为冷冻柜插头不足，货物改卸在新加坡、釜山、台湾、香港等邻近港口，欧洲线每40尺运价已自1,500美元涨到2,300到2,500美元，美国进口线每40尺柜原价约2,000美元，3月7日先涨500美元，3月19日要再涨1，000到1,250美元。

由于周边港口情况也在恶化，船公司建议客户将货载运送目的地改到大陆其他港口，尤其是易腐烂、保存期限较短的水果、蔬菜和肉类等。

根据哥本哈根的海洋情报组织统计，因为新冠肺炎，总共有77航次货柜船航程被取消，其中48次是亚洲-美国的跨太平洋航线、和29次亚洲-欧洲的航次。目前船公司还载持续取消航班，取消范围已扩大到4月20日的航班。

业界开始担心，大陆出口货量逐渐增长后，因为暂时存放在亚洲其他国家的空柜需要运回大陆供出口货使用，目前就有不少空柜是放在台湾，在衔接上会有一段紊乱期。